食物進口管制系統在2014年3月24日提升後，容許小量豁免首次申請以香港政府認可的核證機關所發出的數碼證書(例如：香港郵政發出的電子證書)經食物進口管制系統提交。在提交首次申請後，每名豁免享有人會獲分配一個賬戶。中心會把登入名稱和密碼郵寄給豁免享有人，以便豁免享有人日後透過食物進口管制系統網頁
https://www.fics.gov.hk/home/landingPage/index.htm 提交網上申請。又從2014年3月24日開始，以電子方式透過食物進口管制系統網頁提交網上申請，每項產品繳付的豁免年費為港幣265元。以其他方式遞交的新申請(如親身、郵寄、傳真或電郵)，每項產品繳付的豁免年費為港幣345元。同樣，以電子方式透過食物進口管制系統遞交的小量豁免續期申請，每項產品繳付的豁免年費為港幣250元。以其他方式遞交的續期申請(如親身、郵寄、傳真或電郵)，每項產品繳付的續期年費為港幣335元。