環保及消費者團體對基因改造食物/農作物有以下的疑慮：

食用基因改造食物／農作物對人類健康影響的關注

過敏反應

在製造基因改造農作物時，轉基因會隨機插入接受基因的植物的脫氧核糖核酸 (即DNA)，這可能會導致新過敏原的產生，令高危人士產生過敏反應。雖然，在理論上引入新的基因可能會在基因改造食物引發新的過敏原。不過，基因改造食物必須經過安全評估，包括致敏性測試，才可在市場出售。這類評估有助防止可能引起過敏反應的基因改造食物流入市場。

基因轉移

在基因改造過程中，有時會使用耐抗生素基因作為標示基因，以識別成功被基因改造的農作物。有人擔心這些基因會從基因改造食物轉移至人類腸臟的細菌，使這些細菌產生耐抗生素的能力。但由於這樣的基因轉移需要有很多複雜而且不大可能的事情的接續發生，所以成功的可能性很低。不過，世界衞生組織和聯合國糧食及農業組織亦勸諭業界不要使用帶耐醫療上常用抗生素特性的耐抗生素標示基因。

異系雜交

異系雜交是指基因改造植物的基因轉移到傳統農作物或相關的野外物種，以及以傳統種子培植出來的農作物與基因改造農作物混合在一起。這種雜交可能會對食物安全帶來間接的影響。世界衞生組織認為異系雜交存在一定風險，例如在美國便發現供人食用的粟米產品中含有微量只供餵飼用途的粟米。多個國家已採取策略，以減少混合的機會，例如清楚分隔農地裏種植基因改造農作物和傳統農作物的範圍。

培植基因改造農作物對環境影響的關注

• 難以預計對生態平衡和生物多樣性的影響；
• 持續種植能抵抗害蟲的基因改造農作物可能對益蟲有害，並加快具抗性昆蟲的出現；
• 基因改造農作物的花粉和種子可能會意外地傳播到鄰近田野，令相近的傳統品種改變，特別是能抵受除草劑的基因傳到其他植物會導致"超級雜草"的出現。

社會和道德方面的關注

• 食物中含有一些人們因為宗教、健康或其他理由而不會進食的食物的基因；
• 應否把一些向來不雜交的動物或植物的基因轉移。